Surabaya dan wilayah Gerbangkertosusila dilayani oleh sebuah bandar udara, yakni Bandar Udara Internasional Juanda di Kabupaten Sidoarjo yang berada 20 km di sebelah selatan kota, serta dua pelabuhan, yakni Pelabuhan Tanjung Perak dan Pelabuhan Ujung.